قال الأنبا آرميا سكرتير البابا “شنودة” والمؤيد للانقلاب العسكري، إن علاقة “شنودة” بجماعة الإخوان بعد قيام ثورة الـ25 من يناير كانت ودية، حيث حرصت الجماعة على أن تجرى لقاءات بينهم بعد الثورة.
وأضاف سكرتير البابا شنودة – في حوار له مع صحيفة ” اليوم السابع” المؤيدة للانقلاب العسكري- أنه قابل المرشد العام لجماعة الإخوان محمد بديع في المقر البابوى تحديدًا يوم 7 مارس عام 2012 ودار بينهما حديث ودي، ولكن الله هو العالم بالنفوس واللي في القلب في القلب، مؤكدًا أن المرشد هو من طالب بمقابلته للاطمئنان على صحته، وقال حينها البابا للمرشد: “بالتوفيق لكل الناس”.
يذكر ان الكنيسة وقفت ضد ثورة 25 يناير ورفضت في البداية خلع الرئيس السابق محمد حسني مبارك، وبعد الثورة افتعلت مشاكل عديدة وصلت الى حد رفع السلاح من فوق الكاتدرائية في العباسية، ورفضت انتخاب الرئيس محمد مرسي، وانحازت الى المرشح العسكري شفيق، وفي النهاية وقفت مع انقلاب عبد الفتاح السيسي.